La obra principal de Mill se tituló "Principles of political economy with some of their applications to social philosophy" (Principios de economía política con algunas de sus aplicaciones a la filosofía social), 
esto refleja sus inquietudes en el vasto mundo de la filosofía y la sociedad; lo que hacia de él un pensador que buscaba de alguna manera mejorar la situación de los individuos de la sociedad. Su obra, publicada en 1848 daba por sentado que las teorías clásicas completas eran correctas y que no había problemas importantes por resolverse.
Mill concebía a la economía como una ciencia que usaba un método a priori; es decir que luego de indicarnos supuestos se deducen las conclusiones. Este método debe probar su eficacia, sin embargo, no siempre hay concordancia en las palabras de Mill por lo cual se señalan unas causas perturbadoras que no pudieron ser tomadas en cuanta en sus análisis. Pero lejos de considerar esas causas estas fueron utilizadas como una excusa para justificar las divergencias entre el modelo y la realidad.
Respecto a sus contribuciones el mismo señaló que su único y más importante aporte era la diferenciación entre las leyes de la producción y de la distribución; es decir, respecto a las primeras dijo que éstas son de carácter natural en donde la intervención humana no puede cambiar dichas leyes, sobre las leyes de la distribución Mill afirma que son producto de arreglos sociales y en sí, son las instituciones las que las construyen y realizan la distribución. En este punto se diferenciaba de la gran mayoría de pensadores clásicos quienes construyen un sistema que fue utilizado en la política para cerrar los caminos a las masas oprimidas ya que según esta no había forma de mejorar la retribución al trabajador pese a la buena voluntad que se tuviera.
Un elemento de suma importancia en el pensamiento de Mill es su clara tendencia al eclectisismo que a su vez lo hace difícil de clasificar mas no de entender. En cuanto al Laissez Faire Mill se ubica en una posición intermedia que combinaba su convencimiento de la teoría clásica con su interés por el bienestar social; él sabía que en ausencia del intervencionismo del gobierno no necesariamente se daba la máxima libertad y que existían restricciones e injusticias que solo la legislación podía eliminar. Detrás de estos enunciados hay una aceptación de que las relaciones entre la sociedad no son del todo armoniosas.
La propiedad privada para Mill es un derecho que no debe ser considerado como absoluto así que la sociedad puede interponer sus criterios cuando se genere un conflicto con el bien público. Los elementos de la discusión de la propiedad privada, responden al eclectisismo de Mill. Respecto al modelo de política económica Mill acepta algunos elementos de la cátedra socialista pero no todos. Mill inicia por afirmar que al observar la situación del modelo capitalista, prefería un modelo socialista de desarrollo, pero luego se retracta considerando que en comparación al modelo socialista prefiere al capitalista en su esplendor.
Siguiendo con la economía Ricardiana, aceptó la furia del estado estacionario pero su amplitud filosófica lo llevó a que ese lúgubre final se convirtiera bajo sus ojos en un estado deseable en la medida que la sociedad se transformara en una entidad más bondadosa y menos materialista, preocupado por el bienestar social y no económico de los agentes.
Regresemos a las leyes de la distribución; con respecto a esto, Mill señala que aparte de la competencia, las costumbres reflejadas en las instituciones que habían prevalecido a través de la historia eran las responsables de la distribución del ingreso y no solo la primera, como generalmente lo asume la economía clásica.
Su teoría del valor la presentó en función de los costos de producción en la que los costos monetarios representan fundamentalmente a los costos reales de las desutilidades del trabajo y la abstinencia del consumo de los capitalistas.
No buscó la medida invariable como Ricardo, sino que se preocupó al estudio de los precios relativos. Para que un bien tenga valor de intercambio debe ser útil o difícil de obtener y solo en algunos casos muy inusuales el valor de uso determina el valor de intercambio y consideró a esta clase de bienes intrascendentes ya que son muy pocos los que tienen una curva de oferta perfecta e inelástica.
Los bienes de la manufactura tienen una curva perfectamente elástica y concluyó que el costo de producción es lo que determina el precio. Respecto a los productos agrícolas, consideró que el precio depende de los costos de producción prevalecientes en las circunstancias más desfavorables, lo que sí estaba claro para él es que el equilibrio final se logra cuando la cantidad demandada es igual a la cantidad ofrecida pero su terminología obscurece los conceptos de oferta y demanda.
El comercio internacional también fue objeto de su estudio y su principal consideración es la forma en que las ganancias obtenidas del comercio internacional se repartían entre los países. Fue más allá de Ricardo quien solo pudo dar una solución de promedio. John Stuart Mill concluyó que los términos del comercio dependen de la demanda que hay en ambos países por los productos importados, por otra parte introdujo el concepto de los costos de transporte y analizó la influencia de las tarifas impositivas en el comercio.
Mill realizó una brillante defensa de la ley de Say y desarrolló una teoría psicológica de los ciclos económicos.
Para terminar debemos conocer las reacciones de Mill sobre el fondo salarial, al principio él aceptó la doctrina convencional, pero respaldaba la formación de sindicatos ya que consideraba las desventajas del trabajador desorganizado frente a los empleadores a la hora de negociar un salario. Luego se retractó y afirmaba que la cantidad de fondos destinados al pago de los salarios fuese determinada; una fuerza de trabajo y una tasa salarial fijas.
Los trabajadores no podrían agotar dicha cantidad determinada, entonces la tasa salarial no está determinada de manera inamovible y existe un gran número de posibles salarios.
La profesionalización de la economía, la contradicción cada vez más clara entre la teoría y la práctica y la literatura de carácter humanístico, fueron los focos desde los cuales se elaboraron los ataques a la doctrina clásica concluyendo con la "caída" de la hegemonía de esta escuela.
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